Terörle Mücadele Şube Müdürlüğü'ndeki sorgu ve işlemlerinin tamamlanmasının ardından İstanbul DGM'ye gönderilen Baki Yiğit, buradaDGM Cumhuriyet Savcısı Ali Cengiz Hacıosmanoğlu tarafından sorgulandı.
Savcı Hacıosmanoğlu, Yiğit'i tutuklanması istemiyle nöbetçi 4 No'lu DGM Yedek Hakimliği'ne sevk etti.
4 No'lu DGM Yedek Hakimliği'nde tekrar sorgusu yapılan Baki Yiğit,''yasadışı örgüt üyesi olduğu'' gerekçesiyle tutuklanarak cezaevine gönderildi.
Baki Yiğit'in DGM Cumhuriyet Savcılığı'ndaki sorgusunda, ''uluslararası terörist Usame Bin Ladin ile ABD'deki 11 Eylül saldırılarından önce Afganistan'da görüştüğünü, ancak bu görüşmenin sohbet tarzında olduğunu'' söylediği belirtildi.
Afganistan'da 7 ay kaldığını, daha sonra Türkiye'ye döndüğünü anlatan Yiğit'in ''fikir ayrılığına düştüğü için El Kaide terör örgütüyle bağlantısını kopardığını, İstanbul'daki terör eylemleriyle de bir ilgisinin olmadığını, olayları televizyondan öğrendiğini'' savunduğu öğrenildi.