Son genel seçimlerden sonra Genelkurmay Başkanlığı Askeri Tarih ve Stratejik Etüdler Başkanlığı’nın ’’Menemen Olaylarındaki Gerçekler’’ başlıklı bir rapor hazırlayarak Genelkurmay Başkanlığı makamına yeni oturmuş olan Orgeneral Hilmi Özkök ’e sunduğu ortaya çıktı.

18 Kasım 2002’den kısa süre sonra, dini ağırlıklı yayın politikasıyla bilinen bir dergide ’’Kuyuya Atılan Taş: Menemen’’ başlıklı bir yazı yayımlandı. Yazıda, ’’ Kubilay ’ın biri iki esrarkeş, sarhoş tarafından öldürüldüğü, Menemen Olayı ile milletin hiç yoktan meşgul edildiği, komplonun üzerinden 72 yıl geçmesine rağmen belli güç odaklarınca her yıl gündeme getirilerek insanların rencide edildiği’’ öne sürüldü.

Genelkurmay Başkanlığı Genel Sekreterliği, Kubilay Asteğmen’in şehit edilmesinin yıldönümünden bir gün önce 22 Aralık 2002 tarihinde ’’Haber Takip No: 1776’’ sayılı yazısıyla Genelkurmay Başkanlığı Askeri Tarih ve Stratejik Etütler (ATASE) Başkanlığı’nın konuyu incelemesini istedi. Genelkurmay Başkanlığındaki 7 ’’J’’ Başkanlığından birisi olan ve başında bir korgeneralin bulunduğu ATASE Başkanlığı da ’’Menemen Olayındaki Gerçekler’’ başlıklı 12 sayfalık bir rapor hazırlayarak ’’komuta katına’’ sundu. ’’Menemen Olayı’nın öncesinde ve sonrasında meydana gelen, Osmanlı Devleti ve Türkiye Cumhuriyeti Devleti’ni uğraştıran önemli bazı gerici ve irticai olayların’’ özet halinde sunulduğu raporda, gerici ayaklanmaların, ortak bir söylemi kullandığı belirtildi. Raporda, Şeyh Sait Ayaklanması için, ’’Can kayıplarının dışında, Türkiye Cumhuriyeti Devleti bütçesinin ilk 2 yıl açık vermesine, Musul ve Kerkük bölgeleriyle petrollerinin elden çıkmasına ve bu bölgelerin İngilizlerin hâkimiyetine girmelerine neden olmuştur’’ denildi .

Raporun sonuç bölümünde ise Menemen Olayı’nı birkaç serseri ve esrarkeşin düzenlemediği, İstanbul’da oturan Nakşibendi tarikatı lideri Erbilli Şeyh Esat ve oğlu Mehmet Ati tarafından hazırlandığı kaydedildi.

Raporda, ’’Özellikle 31 Mart Vakası’yla Şeyh Sait Ayaklanması, 23 Şubat kararlarına sebep olan son zamanda meydana gelen irticai olaylar dikkate alındığında Menemen’deki olayın gerici ve rejim aleyhtarı bir olay olduğu görülmektedir. Her yıl 23 Aralık’ta yapılan (Menemen Olayı) anma törenlerindeki maksat ise bu tahlikeli irtica olayını hafızalarda canlı tutmak, genç nesillerin Cumhuriyet rejimine ve Atatürk ilke ve inkılaplarına sahip çıkmalarını sağlamaktır’’ denildi.

Raporda, Serbest Fırka’nın Menemen’de güçlenmesi nedeniyle böyle bir komplonun düzenlendiği iddiasının kabul edilemeyeceği anlatılırken ’’Parti mücadelelerinin, seçimlerin, bir siyasi hayatın normal faaliyetleri içinde yer aldığı’’ , ’’Serbest Fırka güçlüydü fakat engellendi diye Menemen ve civarındaki mürteci ayaklanmasını haklı göstermeye çalışmanın sinsi ve tehlikeli bir düşüncenin bir mahsulü olduğu’’ vurgulandı.

Raporun son paragrafı, şu şekilde kaleme alındı: ’’Son olarak günümüzde de dinin ve Kuran’ın siyasete alet edildiği, bundan menfaat temin edilmeye çalışıldığı, Cumhuriyet rejiminin yıkılarak yerine şeriat devletinin kurulmasının hedeflendiği, vatandaşlarımız arasına kin ve husumet tohumlarının ekilmeye; ayrıca halkın devlete karşı gizlice ayaklandırılmaya çalışıldığı, gerici ve irticai faaliyetlerin artarak devam etmekte olduğu değerlendirilmektedir.’’