İçişleri Bakanı Beşir Atalay ve Milli Savunma Bakanı Vecdi Gönül tarafından açığa alınan komutanlar kararın iptali için Askeri Yüksek İdare Mahkemesi'ne (AYİM) başvurdular.
İçişleri Bakanı Beşir Atalay, Balyoz soruşturmasında ismi geçen Jandarma Tümgeneral Halil Helvacıoğlu’nu, Milli Savunma Bakanı Vecdi Gönül de Tümgeneral Gürbüz Kaya ve Tuğamiral Abdullah Gavremoğlu'nu açığa aldı.
Açığa alınan komutanlar karara itiraz etti ve AYİM'e başvurdu.
Bursa'da bulunan 56. Tümen Komutanı Bekir Sami Günsav'ın, Ankara'da bulunan Mustafa Kemal'e 1 Mart 1920 tarihinde gönderdiği ve endişelerini dile getirdiği telgrafı: "ANADOLU'DA KOMUTANLIK MERTEBESİNDE BULUNAN KİŞİLERİ, YOKTAN BAHANELERLE GÖREVLERİNDEN UZAKLAŞTIRILMA PLANI UYGULANMAKTADIR. BOŞALAN KOMUTANLIKLARA, BATI EMPERYALİSTİ YANLISI MAVCUT HÜKÜMETÇE ATAMALAR YAPILMAMASINI TEMİN İÇİN GEREKLİ ÖNLEMLERİN ALINMASINI ARZ EDERİM."
Kaynak: "Miralay Bekir Sami Günsav'ın Kurtuluş Savaşı Anıları" Muhittin Ünal. sayfa: 294