2009 yılında üniversitelere ve YÖK’e toplam 8 milyar 772 milyon 719 bin YTL ödenek ayrılırken, üniversitelerin 1999 yılındaki bütçesi ise 676 milyon 899 bin YTL idi. 10 yılda üniversitelere ayrılan bütçe yaklaşık olarak 13 kat artış gösterdi.

Milli Eğitim Bakanlığı bütçesi oluşturulurken, üniversitelere ve YÖK’e ayrılan bütçede geçen yıla göre 1 milyar 454 bin 435 YTL artış sağlandı. Bu artış içerisinde 2008 yılında kurulan 9 üniversite için ayrılan pay ise sadece 101 milyon 2 bin 200 YTL gibi çok düşük bir rakamda kaldı. Toplam olarak 94 üniversite ve YÖK’e 2009 yılının bütçesinden 8 milyar 772 milyon 719 bin 225 YTL kaynak ayrılırken YÖK’ün bütçesi ise 43 milyon 615 bin YTL oldu.