2008 yılında Cumhuriyet Gazetesi'ne molotofkokteyli atılması olayına ilişkin dava, Ergenekon ana davasıyla birleşti.

12. Ağır Ceza Mahkemesi'nde görülen duruşmada Bedirhan Şinal ve Boğaç Kaan Murathan'ın da aralarında bulunduğu 6 tutuklu sanık hazır bulundu. Duruşmada söz alan sanık avukatları davanın, Ergenekon davasıyla birleştirilmesi yönündeki talebin reddedilmesini istedi. Söz alan sanıklardan Boğaç Kaan Murathan ise hakkındaki tüm suçlamaları reddederek, "Eğer ben böyle bir suç işlemiş olsaydım bunu söylerdim, gizlemezdim. Bu olay olduğunda benim eşim hamileydi. Şimdi çocuğum 2 yaşında oldu. Ben halen çocuğumu kucağıma alamadım. Eşi hamile olan biri böyle bir suça karışır mı?" dedi. murathan daha sonra tahliyesini talep etti.

Sanıkların tutukluluk hallerinin devamına karar veren mahkeme heyeti, davanın İstanbul 13. Ağır Ceza Mahkemesi'nde görülen Ergenekon ana davasıyla birleştirilmesine hükmetti.

Öte yandan, adliye önünde bekleyen bir sanık yakını, adliyeden çıkan tutuklu sanıklardan Bedirhan Şinal'a tehditler yağdırdı. Şinal ise sanık yakınının tehditlerine küfürle karşılık verdi.