İddanamede, Ergenekon ve Lobi dokumanlarında belirtilen husulardan ve elde edilen diğer delillerden Ergenekon törer örgütünün şu prensiplerle hareket ettiği anlaşılmaştır.



- Gizlilik

Ergenekon dokumanında "Merkez Yönetim başlığı altında önce örgütün yapılanmasından bahsedildiği devamında da "Bu komutan ve başkanların birbirlerini tanımalarında hiçbir sakınca olmadığı, fakat birbirlerinin görev ve sorumluluklarını bilmeleri gerektiği ... 6 ünitede görev alacak ajanların kendi bölümlerinin komutan ve başkan asistanları dışında diğer ünite ve personel ile hiçbir şekilde irtibat kurmamaları gerektiği"

- Örgüt içi denetleme ve kontrol prensibi

- Örgüt içi cezalandırma ve örgütten ayrılanları infaz etme prensibi

Ergenekon dokumanında "Kontrol Dairesi" başlığı altında, "... bu daire içerisinde görevli ajanların bir görevi de karşı istihbarat örgütlerine geçen, yakalanan ve ya operasyon amacına aykırı hareket eden herhangi bir ajanı öldürmektir..." denildiği

- Örgütü temin edilecek eleman profili prensibi

"... Ergenekon bünyesinde yurt dışında eğitim görmüş personel bulundurulmaması zorunluluğu vardır..."

- Telefon dinlemelerine karşı tedbir alma prensibi

(...örgütün üst düzey yöneticileri İlhan Selçuk ve Doğu Perinçek teknik takibe yakalanmamak için bu güne kadarki hayatlarında kesinlikle cep telefonu kullanmadıkları görülmüştür."

- Kod isim kullanma ve toplu seyahat etmeme prensibi

- Deşifre olan elemana sahip çıkmama prensibi