Milli Savunma Bakanlığı, bazı basın yayın organlarında, Yargıçlar ve Savcılar Birliği Başkanı Ömer Faruk Eminağaoğlu hakkında 600 yataklı Etimesgut Hava Hastanesi Sağlık Kurulu'nca düzenlenen 23 Aralık 1988 tarihli ve 1110 sayılı 'Askerliğe Elverişli Değildir' kararlı raporu ile ilgili olarak yer alan iddialar üzerine başlatılan inceleme sonucunda, raporun doğru ve mevzuata uygun olduğunun tespit edildiğini bildirdi.
Milli Savunma Bakanlığı'ndan yapılan açıklamada, Milli Savunma Bakanlığı resmi kayıtlarında söz konusu sağlık raporu da dahil, adı geçen şahıs ile ilgili mevcut evrakın asılları üzerinde yapılan inceleme sonucunda, anılan raporun hiçbir şüphe ve tereddüde yer kalmayacak şekilde doğru ve mevzuata uygun olduğunun tespit edildiği bildirildi. 

Ancak Ömer Faruk Eminağaoğlu'nun 02 Eylül 2008 tarihinde yeniden muayeneye sevk edilmesini içeren yazılı talebinin, Bakanlık tarafından değerlendirildiği ve bu talebin yerinde görülerek, 09 Eylül 2008 tarihinde Türk Silahlı Kuvvetlerinin en üst sağlık kuruluşu olan Gülhane Askeri Tıp Akademisi'ne yeniden muayene için sevk edildiği bildirildi. Gülhane Askeri Tıp Akademisi Sağlık Kurulu'nca, yeniden yapılan muayene sonucunda düzenlenen 15 Eylül 2008 tarihli ve 772 sayılı Sağlık Kurulu raporu ile 1988 yılında verilen rapordaki tanı ve kararın aynen teyid edildiği belirtilirken, Milli Savunma Bakanlığı'na intikal eden raporun, 16 Eylül 2008 tarihinde bakanlık tarafından da onaylandığı kaydedildi. 

Açıklamada, "Ömer Faruk Eminağaoğlu'nun askerlik hizmeti ile ilgili olarak, bakanlığımızca başka bir işleme ihtiyaç duyulmamaktadır" denildi.