Genelkurmay Başkanlığı'nın resmi web sitesinde yapılan açıklamada; Cumhurbaşkanlığı seçimine ilişkin yaşananlar değerlendirilerek şöyle denildi: 

"Türkiye Cumhuriyeti devletinin, başta laiklik olmak üzere, temel değerlerini aşındırmak için bitmez tükenmez bir çaba içinde olan bir kısım çevrelerin, bu gayretlerini son dönemde artırdıkları müşahede edilmektedir. Uygun ortamlarda ilgili makamların, sürekli dikkatine sunulmakta olan bu faaliyetler; temel değerlerin sorgulanarak yeniden tanımlanması isteklerinden, devletimizin bağımsızlığı ile ulusumuzun birlik ve beraberliğinin simgesi olan milli bayramlarımıza alternatif kutlamalar tertip etmeye kadar değişen geniş bir yelpazeyi kapsamaktadır. 

Bu faaliyetlere girişenler, halkımızın kutsal dini duygularını istismar etmekten çekinmemekte, devlete açık bir meydan okumaya dönüşen bu çabaları din kisvesi arkasına saklayarak, asıl amaçlarını gizlemeye çalışmaktadırlar. Özellikle kadınların ve küçük çocukların bu tür faaliyetlerde ön plana çıkarılması, ülkemizin birlik ve bütünlüğüne karşı yürütülen yıkıcı ve bölücü eylemlerle şaşırtıcı bir benzerlik taşımaktadır. 

Bu bağlamda; Ankara’da 23 Nisan Ulusal Egemenlik ve Çocuk Bayramı kutlamaları ile aynı günde kuran okuma yarışması tertiplenmiş, ancak duyarlı medya ve kamuoyu baskıları sonucu bu faaliyet iptal edilmiştir. 

22 Nisan 2007 tarihinde Şanlıurfa’da; Mardin, Gaziantep ve Diyarbakır illerinden gelen bazı grupların da katılımı ile, o saatte yataklarında olması gereken ve yaşları ile uygun olmayan çağ dışı kıyafetler giydirilmiş küçük kız çocuklarından oluşan bir koroya ilahiler okutulmuş, bu sırada Atatürk resimleri ve Türk bayraklarının indirilmesine teşebbüs edilerek geceyi tertipleyenlerin gerçek amaç ve niyetleri açıkça ortaya konulmuştur. 

Ayrıca, Ankara’nın Altındağ ilçesinde “Kutlu Doğum Şöleni'' için ilçede bulunan tüm okul müdürlerine katılım emri verildiği, Denizli’de İl Müftülüğü ile bir siyasi partinin ortaklaşa düzenlediği etkinlikte ilköğretim okulu öğrencilerinin başları kapalı olarak ilahiler söylediği, Denizli’nin Tavas ilçesine bağlı Nikfer beldesinde dört cami bulunmasına rağmen, Atatürk İlköğretim Okulunda kadınlara yönelik vaaz ve dini söyleşi yapıldığı yolunda haberler de kaygıyla izlenmiştir. 

Okullarda kutlanacak etkinlikler, Milli Eğitim Bakanlığı’nın ilgili yönergelerinde belirtilmiştir. Ancak, bu tür kutlamaların yönerge dışı talimatlarla yerine getirildiği tespit edilmiş ve Genelkurmay Başkanlığınca yetkili kurumlar bilgilendirilmesine rağmen herhangi bir önleyici tedbir alınmadığı gözlenmiştir. 

Anılan faaliyetlerin önemli bir kısmının bu tür olaylara müdahale etmesi ve engel olması gereken mülki makamların müsaadesi ile ve bilgisi dahilinde yapılmış olması meseleyi daha da vahim hale getirmektedir. Bu örnekleri çoğaltmak mümkündür.
Cumhuriyet karşıtı olan ve devletimizin temel niteliklerini aşındırmaktan başka amaç taşımayan bu irticai anlayış, son günlerdeki bazı gelişmeler ve söylemlerden de cesaret almakta ve faaliyetlerinin kapsamını genişletmektedir. 

Bölgemizdeki gelişmeler, din ile oynamanın ve inancın siyasi bir söyleme ve amaca alet edilmesinin yol açabileceği felaketlerin ibret alınması gereken örnekleri ile doludur. Kutsal bir inancın üzerine yüklenmeye çalışılan siyasi bir söylem veya ideolojinin inancı ortadan kaldırarak, başka bir şeye dönüştüğü, ülkemizde ve ülke dışında görülebilmektedir. Malatya’da ortaya çıkan olayın bunun çarpıcı bir örneği olduğu ifade edilebilir. Türkiye Cumhuriyeti devletinin çağdaş bir demokrasi olarak, huzur ve istikrar içinde yaşamasının tek şartının, devletin Anayasamızda belirlenmiş olan temel niteliklerine sahip çıkmaktan geçtiği şüphesizdir. 

Bu tür davranış ve uygulamaların, Sn. Genelkurmay Başkanı’nın 12 Nisan 2007 tarihinde yaptığı basın toplantısında ifade ettiği “Cumhuriyet rejimine sözde değil özde bağlı olmak ve bunu davranışlarına yansıtmak'' ilkesi ile tamamen çeliştiği ve Anayasanın temel nitelikleri ile hükümlerini ihlal ettiği açık bir gerçektir. 

Son günlerde, Cumhurbaşkanlığı seçimi sürecinde öne çıkan sorun, laikliğin tartışılması konusuna odaklanmış durumdadır. Bu durum, Türk Silahlı Kuvvetleri tarafından endişe ile izlenmektedir. Unutulmamalıdır ki, Türk Silahlı Kuvvetleri bu tartışmalarda taraftır ve laikliğin kesin savunucusudur. Ayrıca, Türk Silahlı Kuvvetleri yapılmakta olan tartışmaların ve olumsuz yöndeki yorumların kesin olarak karşısındadır, gerektiğinde tavrını ve davranışlarını açık ve net bir şekilde ortaya koyacaktır. Bundan kimsenin şüphesinin olmaması gerekir. 

Özetle, Cumhuriyetimizin kurucusu Ulu Önder Atatürk’ün, “Ne mutlu Türküm diyene!'' anlayışına karşı çıkan herkes Türkiye Cumhuriyeti’nin düşmanıdır ve öyle kalacaktır. 

Türk Silahlı Kuvvetleri, bu niteliklerin korunması için kendisine kanunlarla verilmiş olan açık görevleri eksiksiz yerine getirme konusundaki sarsılmaz kararlılığını muhafaza etmektedir ve bu kararlılığa olan bağlılığı ile inancı kesindir."