Avrupa kupalarında yarı final oynayan ilk Türk takımı Göztepe, tarihinde ilk kez amatör kümeye düştü. 

Üçüncü Futbol Ligi 3. Grupta son haftalardaki başarısız sonuçlarla düşme hattına inen Göztepe, sahasında Aliağa Belediyespor'a 2-0 yenilince, bitime 1 hafta kala ligde kalma şansını kaybetti. Göztepe, 1997 yılında genel kurulda yapılan tüzük değişikliğiyle futbol şubesini şirketleştirip, Yeni Asır grubuna devretmesinin ardından 1998-99 sezonunda 17 yıl aranın ardından Süper Lig'e yükselme sevincini yaşadı. 1999-2000 sezonunda veda ettiği Süper Lig'e sonraki sezon yeniden dönen Göztepe, 2001-2002 sezonunda ligi 7. sırada bitirmeyi başardı. 

Bu başarılı sezondan sonraki süreç, Göztepe'nin adeta çöküş dönemi oldu. A.Ş'nin bağlı olduğu grubun yaşadığı maddi sıkıntılardan etkilenen sarı-kırmızılılar 2002-2003'te Süper Lig'den, 2003-2004'te Lig A'dan, 2004-2005'te de Lig B'den düştü. Bu sezon da Üçüncü Lig'e veda eden sarı kırmızılılar, 5 sezonda 4. kez küme düşme acısını yaşamış oldu. 

Türk Futboluna ''Buldozer'' Fevzi Zemzem, kaptanlar ''İngiliz'' Nevzat Güzelırmak, ''Kestane'' Gürsel Aksel, ''Çarli'' Çağlayan Derebaşı, ''Panter'' kaleci Ali Artuner gibi isimleri kazandıran Göztepe, Avrupa Fuar Şehirleri Kupası'nda (şimdiki UEFA Kupası) 1968-69 sezonunda yarı final oynamış ve bu başarıyı gösteren ilk Türk takımı olmuştu. 

1925 yılında kurulan Göztepe, 2006-2007 sezonunda tarihinde ilk kez amatör kümeye düşmüş oldu.