45. Fortis Türkiye Kupası kurası İstanbul'da çekildi. Ataköy Olimpiyatevi'nde gerçekleştirilen kura çekimi sonrasında, gruplar şöyle oluştu:

(A) Grubu: Galatasaray, Karşıyaka, Kayseri Erciyesspor, Bursaspor, Kayserispor
(B) Grubu: Eskişehirspor, Trabzonspor, Vestel Manisaspor, Ankaraspor, Konyaspor
(C) Grubu: İnegölspor, Gaziantepspor, Fenerbahçe, İstanbul Büyükşehir Belediyespor, Sivasspor
(D) Grubu: Bucaspor, Çaykur Rizespor, Ankaragücü, Beşiktaş, Gençlerbirliği

(Not: Grup karşılaşmaları 25 Ekim'de başlayıp 14 Ocak 2007'de tamamlanacak.)