UEFA Kupası çeyrek final kuraları İsviçre'nin Lyon kentinde çekildi. 

İlk maçların 3 Nisan'da, rövanş karşılaşmalarının ise 10 Nisan'da oynanacağı çeyrek finalde, eşleşmeler şöyle gerçekleşti:
Bayer Leverkusen (Almanya) - Zenit St Petersburg (Rusya)

Glasgow Rangers (İskoçya) - Sporting Lizbon (Portekiz)

Bayern Münih (Almanya) - Getafe (İspanya)

Fiorentina (İtalya) - PSV Eindhoven (Hollanda)

UEFA Kupası'nda yarı finalinde ise Bayern Münih-Getafe eşleşmesinin galibiyle Bayer Leverkusen-Zenit St Petersburg eşleşmesinin galibi, Glasgow Rangers-Sporting Lizbon eşleşmesinin galibiyle de Fiorentina-PSV Eindhoven eşleşmesinin galibi karşı karşıya gelecek.

Yarı final ilk maçının 24 Nisan'da, rövanş karşılaşmasının ise 1 Mayıs'ta yapılacağı kupanın sahibi, 14 Mayıs'ta İngiltere'nin Manchester kentindeki final maçında belli olacak.