İstanbul ili Beşiktaş ilçesinde, Bebek vapur iskelesinin yanında bulunan bu yalı XIX. yüzyılda yapılmış olup, günümüze gelememiştir.

Bu yalının ilk sahibi, kaynaklara göre Sultan III. Selim’in (1789–1807) Hekimbaşısı zamanın ünlü âlimlerinden Mustafa Behçet Efendi’dir (1774–1834). Behçet Efendi Sultan III. Selim’in 1805’te hekimbaşısı olduğu sırada padişahın verdiği para ile bu yalıyı satın almıştır. Yalıyı kimden satın aldığı ise bilinmemektedir. Bu yalı tarihteki bazı siyasi toplantılara sahne olmuştur. İngiltere ve Rusya elçileri ile Fransa Maslahatgüzarı 1831’de burada Osmanlı hükümetinin temsilcileri ile Türkiye ile Yunanistan arasındaki sınır ile ilgili görüşmeler yapmıştır. Behçet Efendi’nin ölümünden sonra kardeşinin oğlu Abdülhak Molla 1854 yılındaki ölümüne kadar burada yaşamıştır.

Abdülhak Molla modern anlamdaki Mekteb-i Tıbbıye-i Şahane’yi kurmuş, bu nedenle de Reisül Ulema olarak tanınmıştır. Ayrıca padişahın hekimbaşılığını da yapmış, yalısında bir de eczane kurmuştur. Bu eczanenin girişinde bulunan “Ne ararsan bulunur, Derde Devadan Gayri” sözü bugün dahi kullanılmaktadır. Bunun yanı sıra Saray-ı Hümayun’da da bir başka eczane kurmuştur. Bu eczanenin kapısına da “ Çaresiz olsa hekimi mutlak bula her derde deva Abdulhak” beytini asmıştır. Aynı zamanda Abdülhak Molla devrinin nüktedan ve hoşsohbet kişilerinden idi. Sultan II. Mahmut, Hekimbaşı Behçet Efendi ve Abdülhak Molla’yı bu yalıda iki defa ziyaret etmiştir.

Abdülhak Molla’nın tek oğlu olan Hayrullah Efendi, baba mesleği olan eczacılığın yerine mülkiyeyi seçmiş ve önemli görevlerde bulunmuş, Osmanlı tarihi ile ilgili eserler yazmıştır. Hekimbaşı Yalısında uzun süre oturan Hayrullah Efendi burasını bir ara Keçecizade Fuat Paşa’ya vermiştir. Keçecizade Fuat Paşa’nın oğlunun Vükela Vapuru’nda ölmesi üzerine de paşa üzüntüsünden Kanlıca’daki yalıyı terk etmiştir. Bundan sonra Şekip Paşa Yalısına taşınmışsa da oraya sığamamış, Hayrullah Efendi de kendi yalısında kalmasını teklif etmiştir. Keçecizade Fuat Paşa Hekimbaşı Yalısında, Hayrullah Efendi de Kanlıca’daki Hekimbaşı Yalısı’nda kalmıştır.

Hayrullah Efendi Bebek’teki yalısına döndükten sonra Tahran Sefirliğine atanmış ve yalı İran Sefiri Hüseyin Hama’ya kiralanmış, ardından da Mütercim Rüştü Paşa’ya satılmıştır. Rüştü Paşa’nın ölümünden sonra Sultan II. Abdülhamid’in adamlarından Lütfi Ağa’nın oğlu Mabeynci Faik Bey yalıyı satın almıştır. Sultan II. Abdülhamid’in kızı Ayşe Sultan burada yeni bir yalı yaptırmak isteyince de Faik Bey yalıyı satmak zorunda kalmıştır. Bu nedenle Hekimbaşı Yalısı yıktırılmış ancak yerine Ayşe Sultan’ın istediği yeni yalı yaptırılamamıştır.

Boğaziçi’nin ilk topografik haritasını yapan Mareşal Moltke Hekimbaşı Yalısı ve bahçesine de anılarında yer vermiştir:

“Muhibbim gerçi bütün tabiplerin başı ise de, tababet-i katiyen tahsil etmemiştir. Müşarinileyhin gayet mebzul güller ile dolu harikulade latif bir bahçesi vardır. Bahçe dağın uzunluğundaki etekte setler üzerine kâindir. Oradan selvi ağaçlı bir mezarlıktan geçilip benim başlıca gezinti yerim olan eski bir kaleye kadar çıkılır.”

Hekimbaşı Yalısı mimarisi, iç düzenlemesi yönünden Boğaziçi’nin Avrupai üsluptaki yapılarından biri idi. Bu yalıyı gezmiş olan bir yabancı gezgin de yalıyı şöyle anlatmaktadır:

“Küçükbebek’te yegane şayanı dikkat ev Hekimbaşının yalısıdır. Geniştir, garp usulünde tefriş edilmiştir. Salonlarında oldukça güzel tablolar vardır. Ziyaret ettiğim hekimbaşı elli yaşlarında, nazik, terbiyeli bir adam intibaını bırakmıştı. Mukalemesinde bir nebatat aşığı olduğu hissediliyordu. Türkiye’deki usulüne göre bana şekersiz kahve ile nargile ve aynı zamanda Avrupada fazla, ehemmiyetli olmayan fakat İstanbul’da nadir yetişen bir küçük tabak çilek ikram etti. Ziyaretimi Eylül sonunda yapmıştım ve çilek mevsimi geçmişti. Buna rağmen Hekimbaşının bahçesinde hususi surette yetiştirilmiş çilekler bulunuyordu. Yalının gerisinde muhtelif çiçeklerle süslenmiş ve türlü meyveleri, sebzeleri olan güzel büyük bir bahçe dikkati çekiyordu.”

Hekimbaşı Yalısı bezemesi, mimari yapısı ile Bebek’in görkemli yapılarından birisi idi. Pembe renge boyanmasından ötürü de Pembe Yalı ismi ile de tanınırdı. Büyük, Ortanca ve Küçük Yalı isimleri ile tanınan üç ayrı bölümden meydana gelmişti. İki katlı olan yalı sonradan eklenen bölümlerle dışarıya taşırılmış, altlı üstlü ince uzun pencereler de bütünü ile denize yönelikti. Yalının dışarıya taşan bölümlerindeki çatı üçgen alınlıklar şeklinde idi. Yalıda büyük divanhaneler, salonlar ve odalar vardı. Arka bahçesi ise arkadaki Mahmut Baba Dergâhı’nın bulunduğu Şehitlik Tepesi’ne kadar uzanıyordu.