Sultan III. Mehmed’in annesi ve Sultan III. Murad’ın eşi Safiye Sultan adına 1597’de Mimar Davud Ağa tarafından yapımına başlanan caminin mimarlığını 1598’den sonra Dalgıç Ahmed Ağa üstlenir. 1603’e kadar süren inşaat Sultan I. Ahmed’in tahta çıkışıyla yarım kalır. Kaderine terkedilip yarım yüzyıldan fazla Yahudi evleri arasında sıkışıp kaldığından halk arasında o zamanlar "Zulmiyye" adı ile anılır. 1661 yılında Sultan IV. Mehmed’in annesi Hatice Turhan Sultan tarafından tekrar başlatılan inşaat Mustafa Ağa’nın mimarlığında 1663’de tamamlanır.

Sekiz sütun ve dokuz kubbeli son cemaat yeri ikinci kat pencere altlarına kadar çinilerle kaplıdır. Sağda ve solda üçer şerefeli iki minare yer alır. Kare planlı camiye merdivenle üç kapıdan girilir. Çinilerle süslü olan dört fil ayağına ve dört kemere oturan merkezi kubbeyi dört yarım kubbe destekler.

Köşelerdeki dört kubbe ve köprü ile türbe önlerinde sütunlarla çevrili kubbelerle birlikte 66 kubbe bulunmaktadır. Mihrabı ve mimberi beyaz mermerdendir. Mihrabın solunda değerli taşlarla süslü bir mozaik tablo vardır.

Külliyeye dahil Hatice Turhan Sultan Türbesi ise içinde gömülü beş padişah ve çok sayıda hanedan mensubuyla Osmanlı sülalesinin en büyük kabristanıdır. Türbede Hatice Turhan Sultan’ın yanı sıra Sultan IV. Mehmed, Sultan III. Osman, Sultan II. Mustafa, Sultan III. Ahmed ve Sultan I. Mahmud’un da mezarları vardır. Türbenin kubbesinin çapı 15m.’den fazladır.