İstanbul’un Anadolu yakasında, Kadıköy ile Harem arasında kalan kentin en büyük ticari limanının yapımına, 1873 yılında Haydarpaşa-İzmit demiryolu hattının hizmete açılmasından sonra başlandı.

1899 yılında inşaatına başlanan liman 1903’te işletmeye açıldı. Yapılması için Anadolu Bağdat Demiryolları Şirketi’ne imtiyaz verildi.

Açıldığı sırada rıhtım uzunluğu 302 m. idi. 1908 yılında Haydarpaşa Garı’nın hizmete girmesiyle birlikte Anadolu ile bağlantısı daha fazla gelişen liman, 1917 yılındaki bir patlama sonucu kısmen tahrip oldu ve yeniden yapıldı.
Liman 1929 yılında Devlet Demiryolları ve Limanları Umum Müdürlüğü’ne bağlandı.

1953 yılında limanın genişletme çalışmalarına başlandı ve rıhtım uzunluğu 650 metreye ulaştı. Günümüzde hala aynı amaçla hizmet vermeye devam etmektedir.