Seyyid Feyzullah Efendi, 1639'da Erzurum'da doğdu. Asıl adı Mehmed olup, Erzurum Müftüsü Seyyid Mehmed Efendi ile Şerife Hatunun oğludur. İlk eğitimini babasından aldı. Daha sonra Seyyid Abdülmü'min'den ve dayısının oğlu İsmail Efendi'den Arapça, Farsça, fıkıh ve fıkıh usulü okudu. Erzurum yöresinin seçkin alimlerinden olan Şeyh Mehmed Vani Efendi'nin derslerine de devam etti. 

Mehmed Vani Efendi'nin isteği üzerine 1664 yılında İstanbul'a, oradan da padişahın bulunduğu Edirne'ye gitti. 1672'de hacca giden Feyzullah Efendi, döndükten sonra Vani Efendi'nin aracılığıyla IV. Mehmed'in şehzadesi Mustafa'ya, hoca oldu. Feyzullah efendi ilimiye mesleğinde hızla yükseldi. Haydarpaşa, Üsküdar Mihrimah Sultan, Sahn-ı Seman ve Ayasofya medreselerinde müderrislik yaptı. 1674'de İstanbul kadılığı payesiyle Sultan Ahmed Medresesi'ne tayin edildi. 1678'de ise Rumeli kazaskerliği payesiyle Şehzade Ahmed'in hocalığına getirildi. Sultan Dördüncü Mehmed tarafından görevinden alındıysa da birkaç gün sonra suçsuz olduğu anlaşılınca görevine iade edildi.

14 Şubat 1688'de şeyhülislam oldu. Feyzullah Efendinin on yedi gün kadar süren bu ilk şeyhülislamlığından azli, askeri bir karışıklıktan kaynaklandı. Yeniçeriler şeyhülislam Feyzullah Efendiyi Erzurum'a göndermişlerdi. Yedi yıl kadar burada yaşayan Feyzullah Efendi, hocalığını yaptığı Şehzade Mustafa'nın tahta çıkışından sonra Edirne'ye gelip, ikinci defa şeyhülislamlığa tayin edildi.

Sekiz yıl bu görevde kalan Feyzullah Efendi, Osmanlı tarihinde ilk kez kendinden sonra şeyhülislam olması hususunda padişahtan bir ferman aldı. Bu uygunsuz icraatları ve giderek nüfuzunu artırıp tayinlere, azillere müdahalesi, içten içe büyük bir tepkinin oluşmasına yol açtı. Tarihe Edirne Vakası olarak geçen olay sonunda, kafası kesilerek idam edildi. Güler yüzlü, bilgili, faziletli, zeki, nüktedan, vakur ve yumuşak huylu bir kişi olarak bilinen Feyzullah Efendi, Tefsir ve hadis ilimleriyle de uğraştı.