Erzurum’da Anadolu’nun en büyük medreselerinden biri olan Çifte Minareli Medrese’nin kitabesi bulunmadığından yapım tarihi kesinlik kazanamamıştır. Bununla beraber XII.yüzyılın ortalarına ait bir Saltuklu eserinin kalıntıları üzerine yapılmıştır. Yapının doğu duvarının aynı zamanda kale surları oluşundan ve mimari özelliklerinden XIII.yüzyıl sonlarında veya XIV.yüzyılın başlarında yapıldığı sanılmaktadır. Osmanlı döneminde harap bir halde bulunan yapıyı Sultan IV.Murat (1623-l640) onarmış ve top imalathanesi ve kışla haline getirmiştir. Sonraki yıllarda yeniden medreseye dönüşmüş, Cumhuriyetin ilk yıllarında bir süre Erzurum Arkeoloji Müzesi olmuştur.

Osmanlı mimarisinde açık avlulu dört eyvanlı ve iki katlı medreseler gurubundan olan yapının iki yanında payandalar üzerinde yükselen iki minaresi ile Anadolu Osmanlı mimarisinde önemli bir yer edinmiştir. Ön cephesiyle dikkati çeken bu medresenin bu bölümünde cephe kompozisyonu oldukça belirgindir. Anadolu Selçuklu Mimarisinde portallerin yan yüzleri süslenmediği halde bu yapıda çeşitli bezemeler birbirini izlemektedir. Girişin derin nişi çeşitli derinliklerde palmet motifli beş sıra şeritle çerçevelenmiş üzeride mukarnaslarla tamamlanmıştır. Portalin bir bölümünü oluşturan figürlü panolar Orta Asya Türk Kültürünün izlerini yansıtan çift başlı kartal, hayat ağacı ve ejderlerden oluşan panolara yer verilmiştir. Ancak bunların tam olarak bitirilemediği de gözlemlenmektedir.

Günümüzde şerefeden yukarısı yıkılmış olan minaresinin yüksekliği 26.00 m.dir. Sırlı tuğla minareler kalın yivli olup yer yer aralarına üçgen çiniler yerleştirilmiştir. Minarelerin pabuç kısımları kare çerçeveler içerisine alınmış ve son derece süslü daireler içerisine “Allah”, ”Muhammed” isimleri başta olmak üzere dört halifenin isimleri yazılmıştır.

Medrese içerisine 5.20 m. derinliğinde, beşik tonoz örtülü bir dehlizden girilmektedir. Avlu dikdörtgen planlı olup, 30.50x12.20 m. ölçüsündedir. Avlu üç taraftan sivri kemerlerle birbirine bağlanmış on dört sütunun taşıdığı iki katlı revaklarla çevrilmiştir. Yan kenarlarda bulunan eyvanlar çatı hizasına kadar yükselmekte olup üst katlar ayrı ayrı merdivenlerle çıkılan enlemesine ikiye bölünmüştür.

Medresenin alt katında yirmi,üst katta da yirmi iki olmak üzere toplam kırk iki kapalı oda bulunmaktadır.

Girişin sağında 5.80x5.80 m. ölçüsünde üzeri kubbeli bir mescit bulunmaktadır. Medresenin güney tarafında ana eyvanın arkasında medreseye bitişik içten ve dıştan onikigen gövdeli, külahla örtülü bir kümbet bulunmaktadır. Bu kümbetin kitabesi olmadığından ne zaman ve kimin için yapıldığı anlaşılamamıştır. Kümbetin gövdesi iç içe yuvarlak kemerlerle bezenmiştir. Ayrıca zengin bezemelerle süslenmiştir. Kümbetin üzerini örten kubbesi de külah şeklindedir. Mumyalık kısmı haçvari planlı, çapraz tonozlu olup üst mekan mihraplı ve içten kubbe ile örtülüdür. Burada sanduka bulunmamaktadır. Bu nedenle de mescide çevrilmiştir.