Büyük ölçekte deprem üretebilecek aktif fayların bulunduğu bir bölgede bulunan Amasya, 1. derece deprem kuşağında yer alıyor.

MTA Orta Anadolu 1. Bölge Müdürlüğü ve Amasya Valiliği'nin ortaklaşa hazırladığı Amasya'nın Doğal Kaynaklar Potansiyeli kaynağına göre Amasya, çevresinde deprem potansiyeli taşıyan aktif faylardan Kuzey Anadolu Fayı, Esençay Merzifon Fayı, Ezinepazar Sungurlu Fayı, Almus Fayı, Turhal Fayı ve Çorum Salhançayı Fayı'nın ortasında bulunurken, Almus Fayı hariç diğer fayların hepsinin belirli bölümleri Amasya'nın sınırları içerisinde kalıyor. Etkin ve en büyük faylardan birisi olan Kuzey Anadolu Fayı, tarihsel ve aletsel dönemlerde depremler ürettiği bilinen ve yıkıcı deprem oluşturma potansiyeli taşıyan etkin faylardan birisi konumunda. Bu fayın Amasya sınırları içerisinde kalan sengmentlerinde 1939, 1942 ve 1943 büyük ve yıkıcı depremler olduğu bilinirken, Esençay Merzifon Fayı'nda 1942'de, Çorum Salhançayı Fayı'nda 1996 yılında can ve mal kaybına yol açan depremler yaşandı.

Esençay Merzifon Fayı'nın Niksar Ovası Tekke Beldesi arasında kalan bölümü ile Yeşilırmak Vadisi ve Merzifon Ovası'nda kalan bölümleri yakın tarihsel dönemlerde ve son yüzyılda kırılmazken, fayın bu bölümlerinin yıkıcı deprem oluşturma ihtimali mevcut.