Cumhurbaşkanı Ahmet Necdet Sezer tarafından Amasya Üniversitesi Rektörlüğü görevine atanan Prof. Dr. Zafer Eren, "Hedefime, Amasya Üniversitesi'ni tercih edilir bir üniversite haline getirmeyi de ekledim" dedi. 

2001 yılında Samsun Ondokuz Mayıs Üniversitesi'ne (OMÜ) bağlı Amasya Eğitim Fakültesi'nde Dekan olarak görevine başlayan ve Amasya Üniversitesi'nin kurulmasına yönelik büyük çabaları bulunan Prof. Dr. Zafer Eren, Amasya Üniversitesi Rektör adayları arasından Cumhurbaşkanı Ahmet Necdet Sezer tarafından seçilerek Amasya Üniversitesi'nin Kurucu Rektörü oldu. 

Amasya'ya geldiği günden beri Amasya'nın neden kendi adıyla anılan bir üniversitesinin olmadığı sorusunu her türlü ortamda dile getirdiğini ifade eden ve Amasya'nın üniversitesini çoktan hak ettiğine inandığını söyleyen Prof. Dr. Zafer Eren, "Altı yıl önce OMÜ Amasya Eğitim Fakültesi Dekanı olarak atandığımda eğitim adına yapmayı planladığım işleri ve hedeflerimi açıklamıştım. Geçen sürede akademik ve idari personelimiz ve öğrencilerimizle birlikte Amasya adına belirlediğimiz hedeflere ulaştıkça yaşadığımız mutluluğu Amasyalılarla paylaşmıştım. Bu güne kadar yaptığım veya yapmayı hedeflediğim işlerde sevgili Amasya halkının desteğini her zaman ön plana çıkardım. Akademisyen olarak göreve başladığımda birinci hedefim olarak 'Çağdaş, demokratik, laik ve sosyal hukuk devleti olan cumhuriyetimizi bulunduğu yerden en ileriye götürebilmek için çaba göstermek' olarak belirlemiştim, şimdi Amasya Üniversitesi Rektörü olarak atandığımda bu hedefe 'Amasya Üniversitesi'ni tercih edilen bir kurum haline getirmek' hedefini de ekledim" diye konuştu.