Birinci derecede deprem bölgesi olan Amasya, büyük ölçekte deprem üretebilecek aktif fayların tam ortasında bulunuyor. 

Çevresinde deprem potansiyeli taşıyan önemli ve aktif faylar arasında Kuzey Anadolu Fayı, Esençay Merzifon Fayı, Ezinepazar Sungurlu Fayı, Almus Fayı, Turhal Fayı ve Çorum Sulhançayı Fayı'nın ortasında bulunan Amasya'da Almus Fayı dışındaki fayların bazı kısımları kent merkezi içinde kalıyor. Amasya Valiliği ve Maden Tetkik ve Arama (MTA) Orta Anadolu 1. Bölge Müdürlüğü işbirliğiyle hazırlanan Amasya'nın doğal kaynaklar potansiyelini gösteren çalışmaya göre, Kuzey Anadolu Fayı'nın tarihsel ve aletsel dönemlerde depremler ürettiği bilinen ve yıkıcı depremler oluşturma potansiyeli taşıyan etkin faylardan birisi olduğu, bu fayın Amasya sınırları içerisinde kalan sengmentlerinde 1939, 1942 ve 1943 yıllarında büyük ve yıkıcı depremlerin meydana geldiği belirtildi. 2007 yılında hazırlanan kaynağa göre Esençay Merzifon Fayı'nda 1942 yılında, Çorum Sulhançayı Fayı üzerinde 1996 yılında can kaybı ve mal kaybına neden olan depremler meydana geldiği açıklanırken, Esençay Merzifon Fayı'nın Niksar Ovası ile Tekke
beldesi arasında kalan bölümü ile Yeşilırmak Vadisi ile Merzifon Ovası'nda bulunan bölümlerinin yakın tarihsel dönemde ve son yüzyılda kırılmadığı, fayın bu bölümlerinin yıkıcı deprem oluşturma olasılığının olduğu kaydedildi. 

Kaynağa göre, Anadolu'daki en eski yerleşim yerlerinden birisi olan Amasya'nın birinci derecede deprem bölgesinde bulunduğu, coğrafi konumu ve genç tektonizma içerisinde aldığı yer nedeniyle tarih boyunca birçok depreme şahit olduğu ifade edildi.