Cumhurbaşkanı Ahmet Necdet Sezer tarafından Amasya Üniversitesi Rektörlüğü'ne atanan Prof. Dr. Zafer Eren görevine başladı. 

Türkiye Cumhuriyeti Anayasası'nın 130. ve 2547 Sayılı Yükseköğretim Yasası'nın 13. maddeleri uyarınca, Yükseköğretim Kurulu'nun 15 üniversite ile birlikte kurulan Amasya Üniversitesi Rektörlüğü'ne önerdiği adaylar arasında bulunan Prof. Dr. Zafer Eren, Cumhurbaşkanı Ahmet Necdet Sezer tarafından 17 Mayıs tarihinde Rektör olarak atanmıştı. 

Amasya Eğitim Fakültesi Dekanlığı ile birlikte yürüttüğü Rektör Vekilliği görevinin ardından asaleten Cumhurbaşkanı tarafından atanan Prof. Dr. Zafer Eren, üniversite çalışanları ile birlikte Yavuz Selim Meydanı'nda bulunan Atatürk Anıtı'na çelenk koyduktan sonra yeni yapılan Amasya Üniversitesi'nin Rektörlük binasına geçti. Zafer Eren, amacının Amasya Üniversitesi'ni aranan üniversiteler arasına sokmak olduğunu belirtti.