Antakya’ya hakim, kentin kuzeydoğusunda, Reyhanlı çıkışı yakınında Stauris (Hac) Dağı’nın eteğinde Aziz Pierre Mağara Kilisesi bulunmaktadır.

Aziz Pierre Antakya’daki ilk toplantısını ve ilk vaftiz törenini Habib Neccar Dağı’nın (Haçdağı) eteklerinde yapmıştır. Yahudi Mahallesi’nin kenarındaki mağarada toplananlar Hristas dinine bağlı anlamına gelen Hıristiyan ismini ilk kez burada almışlardır. Bu mağara-kilisede Aziz Pierre ve Aziz Barnabas ilk Hıristiyan cemaatine vaaz vermişlerdir. Böylece bu mağara-kilise Hıristiyanlığın ilk kutsal kilisesi olarak kabul edilmekle beraber ne zaman gerçek anlamda kiliseye dönüştüğü kesinlik kazanmamıştır.

Mağara-kilisenin girişinde biri büyük, ikisi daha küçük olmak üzere üç kapısı vardır. Sağır ve yuvarlak kemerlerle cephenin tek düzey görünümü böylece giderilmiş, yuvarlak ve yıldız şeklindeki sembolik pencereler de onları tamamlamıştır. Kutsal mağaranın döşemesindeki mozaikler V.yüzyıla aittir. Mağara içerisindeki duvarların tümü XII.-XIII.yüzyıla ait fresklerle kaplı olmasına rağmen günümüzde bunların yalnızca izleri görülebilmektedir.

Mağara-kilisenin girişinde 9,5 m. Genişliğinde, 13 m. derinliğinde ve 7 m. yüksekliğinde bir bölüm vardır. Buradan ibadet mekânına geçilmektedir. Buradaki apsid bölümünde Aziz Pierre’nin mermer sandukası ile duvarın üzerinde mermer bir Meryem heykeli dikkati çekmektedir. Mihrabın sağında kayalardan sızan, kutsal olduğuna inanılmış suların toplandığı havuzda vaftiz törenleri yapılmıştır. Mihrabın soluna açılmış kapıdan, 3 m.den sonrası duvarla kapatılmış bir tünel görülmektedir. Hıristiyanlığın ilk yıllarında Romalıların ani baskınlarına önlem olarak bu tünel kaçış amacıyla kullanılmıştır.

Haçlılar döneminde kilise birkaç metre daha uzatılmış ve yerel taş malzeme kullanılan iki kemerle ön cepheye bağlanmıştır. Ön cephe Papa IX.Pius’un isteği ile Kapuçin rahipleri tarafından 1863 yılında restore edilmiştir. Bu çalışmalara Fransa Kralı III.Napolyon da maddi katkıda bulunmuştur.

Kilisenin içerisinde, sunağın çevresinde bir takım mezarlar bulunmaktadır. Mağara kilisenin önündeki alanın birkaç yüzyıldan beri mezarlık olarak kullanıldığı da burada yapılan çalışmalar sonucunda anlaşılmıştır.

Aziz Pierre Mağara-kilisesi Nasturi Kilisesi’nin Bizans Kilisesi’nden ayrılmasıyla eski önemini yitirmiştir. Günümüzde Aziz Pierre’nin şehit edildiği, Vatikan’ın kutsal yer ilân ettiği Mağara-kilise 1963 yılında Papa IV.Paul tarafından Hıristiyanların Haç yeri olarak ilan edilmiş, her yıl 29 Haziran’da buraya gelen din adamları ve cemaatin katıldığı toplulukla kutsal ayinler yapılmaktadır. Bu törenlere her yıl Vatikan’ın temsilcisi de katılmaktadır.