Şanlıurfa’da İbrahim Peygamber’in doğduğuna inanılan mağara yakınında bulunan bu caminin olduğu yerde Seleukoslar dönemine ait bir mabet olduğu kaynaklardan öğrenilmektedir. MS.150 yıllarında bu tapınağın üzerine bir kilise yapılmış, daha sonra 201-203 yıllarında sel nedeniyle harap olan kilisenin olduğu yere 313 yılında Piskopos Qona tarafından yeni bir katedralin yapımına başlanmıştır. Bu katedral Şanlıurfa’nın İslam egemenliğine geçmesinden sonra harap olmuş ve buraya cami yapılmıştır.

Hz.İbrahim’in doğduğu kabul edilen mağaranın giriş kapısı üzerinde 1808 tarihli bir kitabe bulunmaktadır. Aslında onarım kitabesi olup, Seyyid Muhammed El Mesud tarafından onarıldığı yazılıdır. Caminin kapısı üzerindeki bir başka onarım kitabesinde de 1852 yılında Mahmut oğlu Mahmut Ağa tarafından onarıldığı yazılıdır. Bu kitabelerin yanı sıra avlunun güneydoğusundaki odalardan birinde 1855 tarihinde Ahmet Bican Paşa tarafından ve Derviş Musa isimli bir kişi tarafından onarıldığını belirten yazılar bulunmaktadır.

Caminin avlusu ve avlu kapısı Hacı Müslim Hafız tarafından 1947 yılında halkın yardımı ile yaptırılmıştır.

Caminin çeşitli yerlerinde bulunan bu kitabelerden anlaşıldığına göre Hz. İbrahim’in doğduğu sanılan mağara çevresindeki yapılanma XVIII.yüzyılda başlamıştır. Cami bu mağaranın batısına yapılmıştır. Kesme taştan dikdörtgen planlı olan caminin üzeri tonoz örtülüdür. Mağara ile cami arasındaki duvar üzerine de küçük bir minare yerleştirilmiştir. Ayrıca caminin güneydoğusuna ve kuzeybatı köşesine de iki minare daha eklenmiştir. Bu minarelerden birisi Hacı Ayşe Hanım tarafından 1930 yılında yaptırılmıştır. Bu minareler kesme taştan tek şerefeli ve yuvarlak gövdelidir.