Hatuniye Camii'nde düzenlenen cenaze törenine, Manisa Valisi Orhan Işın, Belediye Başkanı Bülent Kar, Milli Eğitim Müdürü Hasan Özdemir, Manisa Milletvekilleri Mehmet Çerçi, Hasan Ören, Ufuk Özkan, Nuri Çilingir ve çok sayıda öğrenci katıldı. Erdoğan Erdem'in ağabeyleri olan Marmara Üniversitesi Fen-Edebiyat Fakültesi Biyoloji Bölümü Öğretim Üyesi Prof. Dr. Ünal Erdem ve Dr. Uysal Erdem de kardeşlerine son görevlerini yerine getirmek üzere Manisa'ya gelerek törene katıldılar.

Erdoğan Erdem'in eşi Ümmü Erdem, veteriner oğulları Evren ile eczacı kızları Evrim'e sarılarak eşini birlikte son yolculuğuna gözyaşları arasında uğurladı. Ümmü Erdem, eşinin tabutu başına geldiğinde, "Sen hep gülümsedin; ama geride gözü yaşlı dostlarını bıraktın" dedi.
Uğur Dershaneleri Manisa Şubesi'nin açılışını yapmak üzere bir yıl önce Kula'nın Kengel Köyü'nden Manisa'ya gelen 86 yaşındaki anne Fadime Erdem de oğlunun cenazesinde bulundu. Fadime Erdem, bastonun desteği ile güçlükle ayakta durabildi.

53 yaşındaki Erdoğan Erdem, kılınan cenaze namazının ardından toprağa verilmek üzere Çatal Mezarlığı'ndaki aile kabristanlığına götürüldü. Erdoğan Erdem, burada gözyaşları arasında defnedildi.

Bu arada Erdoğan Erdem'in ağabeyi Haydar Erdem de 1996 yılında Salihli yakınlarında bir trafik kazasında hayatını kaybetmişti.