Mardin Medrese Mahallesi’nin kuzeyinde bulunan Zinciriye Medresesi Melik Necmeddin İsa Bin Muzaffer Davut Bin El Melik Salih tarafından 1385 yılında yaptırılmıştır.

Medrese geniş bir alanı kaplamakta olup, cami, türbe ve ek yapılardan meydana gelmiştir. Bu medresede avlu çevresinde sıralanan mekân düzeninden uzaklaşılmıştır. Medresenin doğu ve batısındaki kenarlarında dilimli kubbeleri olan anıtsal giriş kapıları bulunmaktadır. Bunlardan güneydekinde dilimli kubbenin altında türbe, doğudakinde ise yine dilimli kubbenin altında camiye yer verilmiştir. Bu iki mekân arasında dışarıya açık dört revak kemeri ile kubbelerin altındaki dilimli yarım kubbeli duvar payandaları yapıyı görkemli bir şekle sokmuştur. Revak kemerlerinin altında sivri kemerli bir de çeşme görülmektedir.

Birkaç basamak merdivenle çıkılan medresenin giriş kapısı iki sıra mukarnasla dikdörtgen bir çerçeve içerisine alınmıştır. Burada kufi bordürlü bezeme, iki yandaki sütunçelerin taşıdığı üç dilimli niş kemeri ile çevrelenmiştir. Buradaki mukarnas dolgunun altında nişi çepeçevre dolaşan bir kitabe kuşağı bulunmaktadır. Onun altındaki yan duvarlarda ise bitkisel motifli rozetler bulunmaktadır. Ayrıca giriş kapısının üzerindeki yazılar da madalyonlar halindedir. Bu madalyonların altında iki ayrı çeşit taş süslemenin olduğu da dikkati çekmektedir. Üstteki bezemede aralarında altıgenler ve üç kollu yaprakların olduğu birbiri içerisine girmiş kıvrımlı çizgilerden örgü motiflerine yer verilmiştir. Ortadaki küçük altıgenlerde bazı sözcükler yazılıdır. Bunun altındaki bezemelerde karşılıklı palmetler varsa da bunlar kakma olarak işlendiğinden çoğu düşmüştür. Bu kapıdan üzeri tonoz örtülü bir giriş kısmına geçilir. Medresenin ikinci katına çıkılan merdivenler ise girişin sonundadır. Bunun solunda beşik tonozlu bir koridor ile zemin kattaki avluya geçilir. Bu avlu aynı zamanda dışa da açık olup, revaklarla çevrilidir. Koridorun kuzeyine beşik tonozlu küçük bir oda ile L biçimli bir mekân yerleştirilmiştir. Koridorun güneyinde cami bulunmaktadır. Koridora bakan pencerelerle aydınlanan cami ortada mukarnaslı, tromplu bir kubbe ile örtülüdür. Bu kubbenin dışında kalan bölümler de beşik tonozlu mekânlardan oluşmuştur. Caminin palmet biçimindeki kakma motiflerle bezeli mihrap nişinin üzerinde madalyonlar ve yazı frizleri bulunmaktadır. Ancak mihraptaki bezeme ve kitabelerin çoğu bozulmuş, kakmaları düşmüş veya yerlerinden sökülmüşlerdir.

Caminin kuzeyindeki dar bir koridor sonunda dikdörtgen bir avluya ulaşılır. Bu avlunun güneyinde beş kemerli, üzerleri çapraz tonoz örtülü bir revak bulunmaktadır. Revakların güney duvarındaki küçük mihrap nişinin yanlarında da ikişer kemerli bir bölüm medresenin güney yönüne açılmaktadır. Avlunun kuzeyinde içerisinde selsebil olan beşik tonozlu bir eyvan bulunmaktadır. Bu eyvanın iki yanındaki odaların ilk yapıldığı döneme ait olmayıp sonradan buraya eklendiği anlaşılmaktadır.

Güneydeki mekânın üzerindeki kitabesinden burasının bir türbe olduğu anlaşılmaktadır. Sultan İsa’ya ait olan türbe, kare planlı olup, üzeri kubbe ile örtülüdür. İçerisinde bir sanduka bulunmaktadır. Türbedeki mihrabın ve giriş kapısının bezemelerinden çoğu yerlerinden düşmüştür.

Melik İsa Timur ordusu ile savaşmış ve bir süre bu medresede hapsedilmiştir.

Cami ve türbenin yüksekliği ikinci katla aynı düzeydedir. Avlunun batısı kemerli olup, çapraz tonoz örtülüdür. Bu bölümün de sonradan yapıldığı sanılmaktadır. Bu mekânla üst katın batı ve doğu bölümleri birleştirilmiştir.

Mardin Müzesi yeni binasına taşınmadan önce Zinciriye Medresesi’nde işlevini sürdürmüştür.