Van Yüzüncü Yıl Üniversitesi (YYÜ) Fen Edebiyat Fakültesi Sanat Tarihi Bölümü Öğretim Üyesi Yrd. Doç. Dr. Mehmet Top, 2005 yılında Zeynel Bey Medresesi'nde yaptıkları arkeolojik kazı çalışmalarında, 16. yüzyılın 2. yarısına ait 8 odadan 2'sini gün yüzüne çıkarttıklarını bildirdi. 

Hakkari Merkez Biçer Mahallesi'nde hazine arazisi üzerinde bulunan Zeynel Bey Medresesi'nde, Van Müze Müdürlüğü Başkanlığı ve Yrd. Doç. Dr. Mehmet Top'un bilimsel sorumluluğunda geçen yıl başlanan kazı çalışmalarının bu yılki bölümüne başlandı. Hakkari Valisi Ayhan Nasuhbeyoğlu, Emniyet Müdürü Cavit Çevik ile Zeynel Bey Medresesi'nde 7'si uzman toplam 40 kişilik ekip tarafından yürütülen kazı çalışmalarını yerinde inceledi. 

Kazılarla ilgili olarak basın mensuplarına açıklamalarda bulunan Van YYÜ Fen Edebiyat Fakültesi Sanat Tarihi Bölümü Öğretim Üyesi Yrd. Doç. Dr. Mehmet Top, Zeynel Bey Medresesi'nin 2006 yılı kazı çalışmalarını yaklaşık bir haftadan beri sürdürdüklerini kaydederek, Zeynel Bey Medresesi'nin ilin Osmanlı döneminden kalma en önemli ikinci yapısı olduğunu söyledi. Tamamen toprak altında kalan medreseyi 2005 yılında yaptıkları kazı ve temizlik çalışmaları sonucunda ortaya çıkarmaya başladıklarını ifade eden Top, şu bilgileri verdi: 

"2005 yılında medresenin kuzey kanadında 2 sağlam oda bularak avluda çalışmalarımızı yürütmüştük. Şimdiyse özellikle medresenin batı kanadıyla güney tarafındaki odaları temizlemeye başladık. Burada aşağı yukarı medresenin 8 tane odasının olduğu anlaşılıyor. Bu odaların hepsini tek tek ortaya çıkarıp bunların belli derecede geçici onarımlarını yapıp bu şekilde bu sene bırakmayı düşünüyoruz. Medresenin güney tarafında bulduğumuz ve mescit olduğunu düşündüğümüz odanın kazı çalışmaları sırasında bir takım orijinal sıva çıktı. Medresenin odalarının içerisinin tamamıyla kireç harcıyla yapılmış sıvayla kaplı olduğunu gördük. Tabii bunlar toprak içerisinde kaldığı için rutubetten nemlenmiş. Bunların da bir takım koruma önlemleriyle ayakta kalması için tedbirler almayı düşünüyoruz. Onun dışında odadan bir takım künklerde yoğun bir biçimde çıkmaya başladı. Bunlarda burada mescidin akustiğini sağlayan üst örtüde kullanmış olduklarını tahmin ediyoruz. Bunlar tonusun içerisine yerleştirilmiş ses akustiğini sağlıyor. Çalışmalarımız Van Müze Müdürlüğü'nün başkanlığında bilimsel bir heyet tarafından yürütülmektedir. Çalışmalarımıza Kültür ve Turizm Bakanlığı ile Hakkari Valiliği destek vermektedir. Şu anda çalışmalarımızı 7 kişilik teknik bir ekip ve 33 işçiyle sürdürüyoruz. Bizim hedefimiz buradaki temizlik ve onarım çalışmalarını Ağustos ayının ilk haftasına kadar bitirmektir." 

Buldukları odaların içinde Osmanlı döneminde yapılan medreseler gibi girişin hemen karşısında küçük bir mazgal pencere olduğunu da kaydeden Yrd. Doç. Dr. Mehmet Top, odadaki pencerenin medresenin içini aydınlattığını ifade etti. Top, diğer taraftaysa medresenin içinin ısıtılması için şömine dedikleri bir ocağın yer aldığını söyledi. 

Mehmet Top'tan kazı çalışmaları hakkında bilgi alan Vali Ayhan Nasuhbeyoğlu ise, Osmanlı döneminden kalan en önemli yapılarından biri olan Zeynel bey Medresesi'nde yapılan çalışmalara gereken desteği sağlamaya devam edeceklerini belirtti. Vali Nasuhbeyoğlu, daha sonra Emniyet Müdürü Cavit Çevik ile medresedeki kazı çalışmalarını inceleyerek ortaya çıkarılan odaların içini gezdi.