1996 yılında Aydın İl Kültür Müdürlüğü, Aydın Belediyesi ve ADÜ işbirliği ile başlayan Tralles Antik kenti kazılarının yarım kalmasının ardından atıl durumda gün yüzüne çıkarılmayı bekleyen antik kentin korumasız olması tepkilere neden oldu.
1996 yılında başlayan Tralles kazıları 2001 yılına kadar katılımlı kazı olarak devam etmişti. Bakanlık 2001 yılından sonra Tralles kazısına çeşitli nedenlerden dolayı izin vermedi. Aydın İl Kültür ve Turizm Müdürlüğü ve ADÜ'nün girişimleri sonucu Tralles kazısı, Bakanlar Kurulu tarafından "sürekli kazı" statüsüne alınarak, Aydın Müze Müdürlüğü Başkanlığı'nda ADÜ'ye devredilmesinin ardından kazılar 2002 yılında durdurulmuştu. 2002 yılına kadar devam eden Tralles Antik Kenti'nden askeri barınak, hamam ve sayısız eser ortaya çıkarıldı. Yaklaşık 7 yıl devam eden Tralles Antik Kenti kazısı, yetki karmaşası ve otorite boşluğu yüzünden 3 yıldır sürdürülemiyor. Tamamının çıkarılmasıyla Türkiye'nin en büyük antik kenti olacağı iddia edilen Tralles şu ana kadar sadece yüzde 15 meydana çıkarıldığı bildirildi.
Kazı alanı girişine yaptırılan demir kapı ve nöbetçi kulübesinin boş olması dolayısıyla yetkililere sitem eden vatandaşlar, "Türkiye'nin en güzel medeniyet örneklerinden biri olan Tralles Antik Kenti'nin tamamının gün yüzüne çıkarılması konusunda gerekli ilgi ve alaka gösterilmiyor. Bırakın antik kentin hepsinin gün yüzüne çıkarılması için ilgi ve alakayı gün yüzünde olan yapıyı korumakta bile aciziz. Antik kentin girişine ziyaretçi saatleri konusunda ve gerekli uyarı tabelaları asılmış fakat bunları denetleyen bir kişi bil yok. Antik kenti tel örgülerle ve demir kapı koyarak korumak mümkün değil. Bu güne kadar dünyanın en güzel medeniyet örnekleri olan bir çok eserimiz koruma olmaması dolayısıyla başka ülkelerde sergileniyor. Tralles Antik Kenti'ndeki bir çok eserimizin yurtdışında sergilenmesini istemiyoruz" dedi.